一、研發人員的統計
1、難點
研發人員，是指從事研究開發項目的專業人員。主要包括研究人員、技術人員和輔助人員。  
對人員人工的審核，關鍵是對研發人員的范圍認定和費用金額的歸集。如果參與研究開發的人員不是專職從事研究開發項目或同時參與多個研究開發項目，其薪酬如何分攤入研究開發項目、如何在不同研究開發項目間分攤就成為審核的重點和難點。主要表現在一下幾方面：
①部分申報企業特別是中小型企業的管理層，在對整個企業的生產、經營進行管理的同時，往往也參與研究開發工作，如何將其薪酬計入研究開發活動沒有明確規定。
②有些研究開發項目的研究開發活動涉及多個部門，甚至多個企業，在這種情況下人員人工的歸集和分配也比較困難。
③有不少申報企業為了達到增加研究開發費用總額的目的，將研究開發項目立項書中未列示的管理人員（包括業主）、生產人員的薪酬計入研究開發人員人工。
2、應對措施
（1）重點檢查應付工資、管理費用明細賬，全年各月份工資表，全年個人所得稅申報表，勞動合同、教育背景（必要時通過檢查學歷證明，以確定研發人員是否具備相關專業背景）、工作經驗和參加社會保險等資料，結合研究開發部門人員名單，確定研發人員的工資費用是否真實，計算是否正確。  
（2）對受雇的研發人員，需取得累計實際工作時間在183天以上的證據。
（3）對企業存在多個研究開發項目的，按實際參與的項目進行歸集。若研發人員同時參與兩個或兩個以上項目，應按統計的工作量進行分攤。如申報企業因不能正確地對工作量進行統計而常采用其他方法進行分攤，應檢查其分攤的合理性。

二、研發費用直接投入核算
1、難點
《工作指引》中較明確規定了直接投入的開支范圍，但企業實際發生的研發費中的材料費品種繁多，部分領料單上亦未寫明具體用于什么研究開發項目，直接投入的認定和分配缺乏可行的依據。
此外，很多申報企業特別是中小型企業以前年度并沒有獨立設置研發費用科目，發生的研發費分別記載于不同的會計科目，如實驗車間成本、管理費用、其他業務支出、在建工程、專項應付款等，而不同會計科目之間又不存在對申報明細表而言的勾稽關系。因此，申報企業將非研發材料成本計入研發直接投入中的人為操作空間很大。  
2、應對措施
（1）對于日常生產領用材料和研究開發領用材料的區分，除通過重點檢查管理費用、原材料明細賬、原材料購入、發出、結存明細表、相關費用分配表等外，審計人員還可以考慮進行如下分析判斷：  
①總量領用的合理性判斷；  
②研究開發材料領用的月均波動情況是否合理；  
③領用材料與研究開發項目的相關性判斷，必要時可以考慮利用外部專家工作。如，聘請行業專家，對研究開發項目有關直接投入的品種、數量、質量等因素的合理性、相關性進行評價；
④重點對研究開發材料所形成的實物成果進行盤點及殘次品的銷售進行綜合判斷。如，電纜生產企業研究開發項目領用的銅等重要材料，在考慮殘次品銷售的前提下，需要對期末實物庫存的合理性進行判斷。
（2）對于直接購入的能源、材料等，需要通過檢查購入發票、運輸單據、入庫單、領料單等確認其真實性，并聘請相關行業專家，確定購入的能源、材料等與研究開發項目的相關性。  
（3）對動力費用、共同使用的模具、樣品、樣機及一般測試手段購置費等，可以采用工作量等合理的方法，分攤計入各研究開發項目成本。  

三、固定資產折舊與長期待攤費用
1、難點
固定資產折舊與長期待攤費用攤銷，是指為開展研究開發活動購置的儀器和設備以及研究開發項目在用建筑物的折舊費用，包括研究開發設施改建、改裝、裝修和修理過程中發生的長期待攤費用。
2、應對措施
（1）重點檢查固定資產明細賬、長期待攤費用明細賬；檢查申報企業年度新增固定資產及長期待攤費用的發票、固定資產的申購單、入庫單、驗收單；實地查看該部分設備，核對資產用途（檢查使用說明書等），確定其是否真實存在，是否用于研究開發項目。  
（2）結合固定資產盤點，核對與研究開發活動相關的固定資產是否賬實相符；檢查購入時已計入研究開發費用的固定資產，是否單獨管理，是否存在重復計提折舊的情況。  
（3）復核各項折舊、攤銷的正確性及相關性，關注前后各期折舊政策及方法的一致性：  
①檢查是否屬于為執行研究開發活動而購置的儀器和設備或研究開發項目在用建筑物的折舊費用；
②檢查固定資產折舊計提、長期待攤費用攤銷所采用的會計政策、會計估計是否與財務報表所采用的一致，且前后各期是否保持一致，折舊或攤銷的計算是否正確；
③對于研究開發項目和非研究開發項目共用的資產，檢查折舊或攤銷的分配方法是否合理，且前后各期是否保持一致，分配的金額是否正確。
（4）對屬于多個項目使用的，檢查分攤方法是否合理，且前后各期是否保持一致，分攤的金額是否正確。  

四、設計費用
1、難點
設計費用，是指為新產品和新工藝的構思、開發和制造，進行工序、技術規范、操作特性方面的設計等發生的費用。部分申報企業由于設立的研究開發機構較簡單、研究開發人員力量薄弱，經常會將一些新產品或新工藝的設計外包，且不少企業并未與外包單位簽訂相應的合同，或者簽訂的合同還包括了申報研究開發項目以外的其他項目的設計費用。從而較難確定設計費用的合理性，且外包性質的設計費用容易與委托外部研究開發費用混淆。
2、應對措施
（1）重點檢查管理費用明細賬－研究開發費用明細科目，檢查設計費用支出的發票、付款申請審批單據，確認設計費用發生的合理性、真實性及正確性。  
（2）對于外包設計費，應重點檢查合同、協議、付款憑證、發票，并分析合同、協議的實質性內容，判斷是否屬于為新產品、新工藝的開發進行的技術規范和操作方面的設計而發生的費用；若合同或協議實質表明，外包內容系委托外部開發機構進行實質性改進技術、產品和服務活動，且與企業的主要經營業務緊密相關，則應歸屬于委托外部研究費用，應要求被審計單位據實調整并列報。  
（3）注冊會計師應走訪被審計單位的設計、研究開發部門，或向外包單位進行函證確認，以正確區分外包設計費和外包研究開發費，必要時，應考慮利用專家工作。  

五、裝備調試費
1、難點
裝備調試費，主要包括工裝準備過程中研究開發活動所發生的費用。如，研制生產機器、模具和工具，改變生產和質量控制程序，或制定新方法及標準等。為大規模批量化和商業化生產所進行的常規性工裝準備和工業工程發生的費用，不能計入裝備調試費。
然而，一些用于研究開發活動的機器和模具，也可能用于生產。如何區分是用于大規模批量化和商業化生產，還是用于研究開發活動，對沒有專業背景的注冊會計師來說是審計難點。  
2、應對措施
（1）檢查是否屬于工裝準備過程中研究開發活動所發生的費用。如，研制生產機器、模具和工具，改變生產和質量控制程序，或制定新方法及標準等。
（2）檢查相關費用的核準、支付是否符合內部管理辦法的規定，是否與原始憑證相符。  
（3）檢查是否存在列入為大規模批量化和商業化生產所進行的常規性工裝準備，及工業工程發生的費用的情形。  

六、無形資產攤銷
1、難點
無形資產攤銷，是指因研究開發活動需要購入的專有技術所發生的費用攤銷。包括專利、非專利發明、許可證、專有技術、設計和計算方法等。申報企業購入的無形資產，有時既用于生產經營，又用于研究開發活動，無形資產是否與研發項目相關，如何分攤計入研究開發費用很難把握。  
2、應對措施
（1）檢查是否屬于因研究開發活動需要而購入的專利、非專利發明、許可證、專有技術、設計和計算方法等所發生的費用攤銷。可以通過對項目立項、專家評定等技術資料的分析，判斷其相關性；當影響重大時，需要考慮借助其他行業專家的工作。  
（2）取得無形資產初始購置時的協議或合同、發票、付款憑證等，檢查無形資產原值的確認是否正確；檢查攤銷政策是否正確，且前后各期保持一致，計算檢查攤銷的金額是否正確。  
（3）檢查是否存在列入與研究開發項目無關的其他無形資產攤銷的情形；若存在無形資產費用在研究開發項目與其他項目之間分攤的情形，需檢查分攤方法是否合理、前后各期是否保持一致，并計算檢查分攤的金額是否正確。

七、委托外部研究開發費用
1、難點
委托外部研究開發費用，是指企業委托境內其他企業、大學、研究機構、轉制院所、技術專業服務機構和境外機構進行研究開發活動所發生的費用，項目成果為企業擁有，且與企業的主要經營業務緊密相關。中小型申報企業由于設立的研究開發機構力量薄弱，一般會與研究院、高校等科研機構合作開展研究開發活動，與其簽訂相應的委托開發合同或合作協議。  
2、應對措施
（1）重點檢查管理費用明細賬、與委托外部研究開發費用相關的明細賬，委托外部研究開發費用的合同或協議、發票、付款憑證；針對研究開發項目工作內容、協議條款、協議金額等向受托方進行函證，確認其發生的真實性及金額的正確性；關注并確認是否為關聯交易，如果為關聯交易，發生金額應按照獨立交易原則確定。  
（2）復算檢查委托外部研究開發費用，是否按照委托外部研究開發費用發生額的80％計入研究開發費用總額。  

八、其他費用
1、難點
其他費用與研究開發項目相關性、真實性、完整性的認定，存在較大錯報風險。
2、應對措施
（1）重點檢查管理費用明細賬、費用分攤表，確認費用支出與研究開發項目的相關性及費用分攤的合理性。  
（2）關注如辦公費、通訊費、專利申請維護費、高新科技研究開發保險費等其他費用，是否屬于為研究開發活動所發生的，是否存在列入與研究開發項目無關的其他費用的情形。  
（3）檢查相關費用的核準和支付是否符合企業內部管理的規定，是否與原始憑證相符。  
（4）復算檢查列報的其他費用是否*過研究開發費用總額的10%。

九、復核研究開發費用總額占銷售收入總額的比例
1、難點
《高新技術企業認定管理辦法》規定，高新技術企業認定必須滿足*近三個會計年度研究開發費用總額占銷售收入總額的一定比例。因此，申報企業為了達到標準可能虛列研究開發費用，擴大研究開發費用總額。
2、應對措施
（1）獲取經具有高新技術企業認定資質的會計師事務所審計的，*近三個會計年度的審計報告和財務報表。  
（2）復算加計*近三個會計年度的銷售收入總額。《高新技術企業認定申請書》填報說明表明，銷售收入是指產品收入和技術服務收入之和；復算加計*近三個會計年度的研究開發費用總額。  
（3）復算研究開發費用總額占銷售收入總額的比例，與申報企業計算的結果核對是否一致；復算在中國境內發生的研究開發費用總額占全部研究開發費用總額的比例，與申報企業計算的結果核對是否一致。

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